首先，两所学校都是211，且都是理工类大学；其次两所学校都位于江苏南京，因此在城市因素上不存在差别。
从各类大学排名上看，南理工和南航都很接近，没有明显差距；
从学校强势学科来看，南理工的强势学科包括：
一级学科国家重点学科：兵器科学与技术 （含武器系统与运用工程，兵器发射理论与技术，火炮、自动武器与弹药工程，军事化学与烟火技术4个二级学科） 光学工程
二级学科国家重点学科：材料学 电磁场与微波技术 应用化学 模式识别与智能系统
江苏省重点学科：光学工程 机械电子工程 纳米材料及相关技术 通信与信息系统 计算机应用技术 工程热物理 控制理论与控制工程
南航的重点学科：
国家一级：航空宇航科学与技术 力学
国家二级：飞行器设计、航空宇航推进理论与工程、 航空宇航制造工程 人机环境与工程 一般力学与力学基础、固体力学、流体力学、工程力学 机械制造及其自动化 导航、制导与控制（国家重点（培育）学科） 电力电子与电力传动（国家重点（培育）学科）
省重点学科：力学 航空宇航科学与技术 航空宇航科学与技术 机械工程 电气工程 物联网与控制技术 控制科学与工程 信息与通信工程 计算机科学与技术 光学工程 仪器科学与技术 材料科学与工程 交通运输工程 管理科学与工程
综上，若学文科则这两所大学无所谓，因为都不怎么样。若学理工科，则主要看兴趣在哪个方面。
