1、培养目标不同
水利水电工程培养能适应21世纪水利水电建设发展需要，具有创新和开拓精神的高级工程技术人才。全面系统地掌握水利水电工程规划、设计、施工、管理等方面的基础理论和专业知识，具备综合运用所学知识解决实际工程问题的能力。
水利水电建筑工程主要培养掌握水利水电工程项目建设、现场施工的基本知识和技术，具备中小型水利水电工程勘测设计、施工组织与管理、工程运行管理、水工建筑物检测、从事中小型水利水电工程设计、水利水电工程施工与管理工作、检修及维护等能力的高素质技能型人才。
2、课程设置不同
水利水电工程的课程主要有水利工程经济与经营管理、工程质量与进度控制、水工钢结构、水利规划、水工建筑物、水电站等。
水利水电建筑工程的课程主要有水利工程制图及CAD、水利工程测量、工程力学、水力学、土力学与工程地质、建筑材料、建筑结构、水文及水利水电规划、水工建筑物、农田水利学、城乡供水、水电站与水泵站、水利工程施工、无损检测技术、水利工程造价与招投标、水利工程经济等。
3、就业方向不同
水利水电工程专业的毕业生可在水利水电资源开发、大型水利水电枢纽勘测、设计、施工、管理等领域从事规划、设计和科学研究工作。
水利水电建筑工程专业的毕业生可以从事中小型水利水电工程勘测设计、施工组织设计、土石方施工、砼浇筑工程、地基处理、水利工程建设监理、水工建筑物的检测、检修及维护、河道整治、防洪抢险等技术和管理工作，也可从事小型工业与民用建筑物设计和施工管理等工作
