首先，从使用原理来看，消毒喷枪与加湿器基本一致，即通过雾化器高频震荡产生超声波，再利用超声波将液体消毒剂分散成“纳米级”的小颗粒，达到消毒的效果。
这样的运作原理也意味着，雾化后的消毒剂也更容易被肺部吸入，这样的气雾在通风不佳的环境中可以长时间留在空气中，戴口罩也无法完全规避风险。因此，即便是平日里安全的消毒剂一旦放入喷枪使用，也未必安全。
此外，喷枪装置里放置了酒精，还有“玩火”的风险。中国疾控中心消毒首席专家、环境所消毒中心主任张流波在接受央视新闻频道《新闻1+1》采访时曾经说过，对一些比较小的表面，适合局部使用酒精擦拭进行消毒。但是喷雾消毒风险较高，绝对不推荐用酒精喷雾做大面积的环境表面消毒。
